De acordo com MPF, o código inovou ao considerar falta gravíssima, a prática de trotes de qualquer natureza, ainda que fora das dependências da instituição, bem como o uso do poder ou da força para intimidar ou perseguir outros alunos na escola (o chamado bullying), podendo levar inclusive ao desligamento definitivo do aluno.
Até então, as penalidades eram aplicadas pelo Conselho de Professores ou pelo Diretor-Geral ao término de investigações que não seguiam um rito pré-estabelecido, nem asseguravam quaisquer das garantias previstas em lei, como o exercício da ampla defesa e do contraditório
Segundo o procurador da República, Antônio Arthur Mendes, “durante outra investigação, ainda em andamento, recebemos denúncias de que alguns abusos em trotes eram de tal ordem que vítimas preferiam abandonar os estudos a suportá-los, isso depois de terem obtido aprovação em difícil concurso público de admissãoCom as novas regras, a própria instituição deixa claro para os estudantes que tais práticas são intoleráveis e passíveis de severa punição”.
O MPF defendeu que, conforme dispõe a Lei nº 9.784/99, escolas federais devem se submeter às mesmas regras que regem a Administração Pública, entre elas o processo administrativo com todas as suas garantiasOu seja, qualquer julgamento de eventuais infratores deve ser formalizado em procedimentos públicos, com atos de oitivas, notificações e informações sobre direitos e prerrogativas dos investigados.