Das equipes de atenção básica avaliadas, 57% (2.328 equipes) atingiram resultado acima da média ou muito acima da média e aproximadamente 39% (1.598 equipes) ficaram com conceito mediano ou abaixo da média. Quanto à saúde bucal, 55% (1.277 equipes) tiveram avaliação acima da média ou muito acima da média e 36% (839 equipes) mediano ou abaixo da média.
As equipes de atenção básica que recebem conceito muito acima da média recebem adicional de R$ 8,5 mil por mês; acima da média passa a ter um aditivo de R$ 5,1 mil. As demais avaliações ganham um complemento de R$ 1,7 mil. Para as equipes de saúde bucal os valores são, respectivamente, R$ 2,5 mil, R$ 1,5 mil e R$ 500.
O processo de certificação, que determinou o volume de recursos a serem transferidos aos municípios, é realizado pelo Ministério da Saúde com o apoio de 49 Instituições de Ensino e Pesquisa de todas as regiões do país. A avaliação é composta por três partes: uso de instrumentos autoavaliativos - o que corresponde 10% da avaliação; desempenho em resultados do monitoramento dos 24 indicadores de saúde firmados no momento da adesão do Programa - responsável por 20% da avaliação; e desempenho nos padrões de qualidade verificados in loco por avaliadores externos, que corresponde a 70% da nota de avaliação.
O objetivo do PMAQ é garantir um alto nível de atendimento por meio de um conjunto de estratégias de qualificação, acompanhamento e avaliação do trabalho das equipes de saúde.