O ofício ele aprendeu em casa, através da mãe, Delza Cecília Alves de Oliveira, professora. “Ela exerceu a profissão de música até quando eu tinha uns 10 anos. Curiosamente, foi depois que ela largou a música que eu comecei a minha carreira”, disse ele em depoimento ao site do Museu Clube da Esquina.
Um dos discos responsáveis por sua formação foi de Toninho Horta, que muitos anos mais tarde se tornaria seu parceiro. Um dia sua mãe chegou em casa com um álbum do violonista, gravado em 1984. Flávio, então mal entrado na adolescência, não tocava nenhum instrumento.
“Esse disco branco do Toninho Horta foi a primeira coisa com essa cara forte daqui de Belo Horizonte que chegou e eu gostei de cara. Engraçado que era uma música difícil”, disse.
Com muitos instrumentos em casa, graças à mãe professora, Flávio se tornou autodidata. Aprendeu piano, cavaquinho e violão. O primeiro grupo nasceu também na escola. Em 1994, já aluno da rede Pitágoras, matriculado na mesma turma que Robertinho Brant, Flávio passou a integrar o grupo Candeia, do qual quatro dos sete integrantes se profissionalizaram: Serginho Silva e André “Limão” Queiroz.
O disco de estreia viria logo depois. Lançado pelo selo Velas em 1995, Primeiras estórias trazia no repertório as faixas Caçada da onça e Carro de boi inspiradas, respectivamente, nos contos Meu tio Iauaretê e Conversa de bois, ambos do livro Sagarana, de Guimarães Rosa. O disco o fez trocar o bar pelos estúdios, especializando-se na composição de canções para artistas como Paulinho Pedra Azul e Ana Cristina, entre outros.
Cinco anos depois, Ney Matogrosso batizaria o elogiado Olhos de farol, em que dava mais uma guinada na carreira solo, com a canção de Flávio que, a essa altura, já chamava a atenção de produtores como Ronaldo Bastos, por cujo selo, Dubas Música, Flávio Henrique gravaria disco ao lado de Marina Machado, em 1998.
Em 2000, Flávio ficou em quarto lugar na categoria compositor no Prêmio Visa de Música. Marina Machado e o Trio Amaranto (formado pelas irmãs Flávia, Marina e Lúcia Ferraz) seriam os companheiros de palco na performance. A parceria no palco gerou mais um disco, Aos olhos de Guignard. “Foi o disco independente de maior tiragem (6 mil cópias) feito na cidade”, disse ele em 2012 ao Estado de Minas.
Gravada posteriormente por Marina Machado, Maurício Tizumba, A Quatro Vozes, Anthônio, Lúdica Música e Milton Nascimento, além de um grupo brasileiro radicado no Japão, Casa aberta (parceria com Chico Amaral) se tornaria o hit de Aos olhos de Guignard.
Já em 2002, Flávio Henrique gravou em parceria com Chico Amaral o disco Livramento, cujo repertório reúne músicas cantadas e instrumentais. Milton Nascimento participou deste trabalho na canção Nossa Senhora do Livramento e Ed Motta, com Hotel Maravilha. Vale lembrar que Flávio e Chico foram os produtores de Baile das pulgas (1999), primeiro álbum solo de Marina Machado.
Na sequência ele faria os discos Sol a girar (2005) e Pássaro pênsil (2008). O primeiro álbum foi um ensaio do que viria a se tornar o quarteto Cobra Coral. Estavam lá Pedro Morais, Kadu Vianna e Mariana Nunes. Flávio ainda gravaria o solo Zelig em 2012, um disco que ele classificou como experimental de canções.
Seus dois últimos álbuns foram justamente com o Cobra Coral. Em 2012 o quarteto lançou o trabalho de estreia, homônimo. E em 2015 saiu o segundo, Pra cada um ser o que é.