Um toque de recolher permanente foi decretado na noite de sábado na cidade, pouco antes da operação na qual foram detidos 60 supostos militantes do Boko Haram.
O toque de recolher foi retirado parcialmente e as pessoas agora podem circular entre sete horas da manhã e dez horas da noite, disse o porta-voz.
Os soldados vasculharam várias casas de três bairros de Damaturu e durante a madrugada começou o tiroteio, no qual dois soldados ficaram feridos, explicou.
A cidade de Damaturu é regularmente atingida por atentados do Boko Haram. Os ataques desse grupo já deixaram mais de 1.400 vítimas desde 2010 no norte e centro da Nigéria, de acordo com a organização Human Rights Watch.
A Nigéria, país mais populoso e maior produtor de petróleo da África, é dividida entre um norte muçulmano e o sul predominantemente cristão.