A polícia local, do estado e a federal lançaram uma caçada em larga escala por Roof, que, de acordo com a investigação, declarou comentários racistas durante o tiroteio, falando para as vítimas que eles (negros) estavam tomando o país e "estuprando nossas mulheres". Entre os mortos estão seis mulheres e três homens, incluindo o pastor. Segundo as autoridades, ele não matou mais mulheres de propósito.
O Departamento de Justiça dos Estados Unidos abriu uma investigação de direitos civis contra o tiroteio que irá ocorrer em paralelo com a investigação já em curso da polícia estadual e local. Mullen pediu que a população não chegue perto do suspeito e que se mantenha alerta, e, caso veja algo suspeito, devem informar imediatamente a polícia.
O governador da Carolina do Sul, Nikki Haley, afirmou em comunicado que "apesar de não sabermos todos os detalhes do ocorrido, sabemos que nunca iremos entender o que motiva uma pessoa a entrar em um dos nossos locais de orações e tirar a vida de outras pessoas." O comitê de campanha do candidato do Partido Republicano para a presidência dos EUA, Jeb Bush, enviou um e-mail divulgando que, por causa do tiroteio, o candidato cancelou um evento planejado na cidade na quinta-feira.
A Igreja Metodista Episcopal Africana Emanuel é uma igreja afro-americana histórica que existe desde 1816.