O incidente ocorreu em San Agustín Rancho Viejo e San Vicente Coatlán, na Serra Sul do estado, apenas três dias depois que outra disputa entre as cidades de Santa María Sola e El Guayabo deixou sete mortos e três feridos.
Fontes policiais informaram que o confronto aconteceu em torno da meia noite desta segunda-feira nos limites da Serra Sul e dos Vales Centrais, uma área onde existe um conflito agrário.
A promotoria de Oaxaca informou no Twitter que iniciou uma investigação "pelo crime de homicídio e lesões intencionais".
Anteriormente, o presidente do México, Andrés Manuel López Obrador, falou sobre a violência naquela região do país, causada em grande parte por problemas agrários.
"Em Oaxaca, ultimamente tem havido homicídios e confrontos por limites fundiários, algo que dói muito, porque são confrontos entre os mesmos povos, não deveriam acontecer", disse o presidente durante sua habitual conferência matinal.
Oaxaca, estado com forte presença indígena, mantém ativos, há décadas, centenas de conflitos entre grupos agrários antagônicos que disputam terras e com frequência levam à violência.