Chauvin, 45, foi condenado por assassinato no mês passado pela morte em maio de 2020 de Floyd, um homem negro de 46 anos.
Os outros três policiais envolvidos na prisão fatal também enfrentam acusações e serão processados nos próximos meses.
As acusações federais reveladas nesta sexta-feira são separadas das do estado de Minnesota contra os quatro envolvidos.
A acusação federal acusa Chauvin de privar Floyd de seu direito constitucional de "ser livre do uso de força exagerada por um policial".
Um vídeo de transeuntes mostrou Chauvin, um policial branco, segurando com um joelho o pescoço de Floyd por nove minutos enquanto ele estava algemado de bruços na rua.
O vídeo viralizou, gerando uma onda de protestos nacionais e internacionais contra o racismo e a brutalidade policial nos Estados Unidos.
Os outros três oficiais, Tou Thao, J. Alexander Kueng e Thomas Lane, serão julgados por não terem impedido Chauvin de agir com força excessiva.
Os quatro são acusados de não terem prestado assistência a alguém que tinha "clara necessidade" de cuidados médicos.
Em uma acusação separada, Chauvin foi acusado de uso irracional da força contra um adolescente de 14 anos em Minneapolis em 2017. "Sem qualquer justificativa legal, ele apertou a garganta do adolescente e bateu-lhe várias vezes na cabeça com uma lanterna", diz a acusação.
"Chauvin manteve o joelho no pescoço e na parte superior das costas do menino, mesmo quando ele estava algemado, de bruços e sem resistir", dizem os documentos.
Chauvin foi considerado culpado pela morte de Floyd e pode ser condenado a 40 anos de prisão. A duração da pena será anunciada em 25 de junho.
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