O incidente aconteceu na segunda-feira, quando o líder do Partido Liberal deixava um ato político em uma cervejaria de London, cidade localizada a sudoeste de Toronto, na província de Ontário.
Alguém na multidão jogou o que parecia ser um punhado de cascalho no primeiro-ministro, segundo imagens da televisão.
Trudeau, membros de sua equipe de segurança e jornalistas teriam sido atingidos, mas ninguém ficou ferido.
O incidente provocou a condenação da principal rival de Trudeau, a líder conservadora Erin O'Toole, e do líder do Novo Partido Democrata, Jagmeet Singh.
Trudeau - cuja popularidade caiu nas pesquisas e agora está em empate técnico com O'Toole - enfrentou recentemente o que descreveu como "turbas antivacinas", irritadas com sua forma de lidar com a pandemia de covid-19.
Na semana passada, ele foi forçado a cancelar um ato por motivos de segurança.
"Sim, há um pequeno elemento marginal neste país que está zangado, que não acredita na ciência, que ataca com ataques racistas e misóginos", disse Trudeau em um comício de campanha.
"Mas os canadenses, a grande maioria dos canadenses, não são representados por eles, e sei que eles não permitirão essas vozes, esses grupos de interesses especiais, esses manifestantes - nem quero chamá-los de manifestantes, essas turbas antivacinas - ditem a forma como este país deve superar esta pandemia", acrescentou.