Kishida enviou a árvore "masakaki" como oferenda para celebrar o festival bianual do santuário, celebrado na primavera e outono, disse à AFP uma porta-voz do templo.
O santuário no centro de Tóquio presta homenagem aos 2,5 milhões de mortos nas guerras, em sua maioria japoneses, desde o final do século XIX.
Mas também consagra altas figuras militares e políticas condenadas por crimes de guerra em um tribunal internacional.
Dois ministros do governo de Kishida também enviaram as árvores sagradas como oferenda ao templo.
Nenhum primeiro-ministro japonês o visitava desde 2013, quando Shinzo Abe compareceu e provocou a indignação da China e da Coreia do Sul, enquanto foi criticado pelo seu aliado Estados Unidos.
O antecessor de Kishida, Yohihide Suga, visitou o santuário neste domingo, disse a porta-voz. A emissora pública NHK mostrou imagens de sua visita.
As visitas de autoridades ao santuário irritam os países que sofreram nas mãos dos militares japoneses durante a Segunda Guerra Mundial, especialmente Coreia do Sul e China.
Neste domingo, o ministério das Relações Exteriores da Coreia do Sul manifestou uma "profunda decepção" com a decisão de enviar a oferenda.
Seul "lamenta que os líderes japoneses tenham enviado novamente a oferenda ou reiterado suas visitas ao santuário Yasukuni", disse em um comunicado, de acordo com a agência de notícias sul-coreana Yonhap.
A Coreia do Sul pede às autoridades japonesas que "enfrentem a história e demonstrem com fatos uma humilde introspecção e suas reflexões sobre a história".
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