Serguei Trepelkov foi informado na quarta-feira que tinha que deixar os Estados Unidos, disse o funcionário.
A medida foi tomada depois que Moscou ordenou que o vice-chefe da missão dos EUA na Rússia, Bart Gorman, deixasse o território russo.
O funcionário do Departamento de Estado enfatizou que a expulsão não estava relacionada à invasão russa da Ucrânia.
A expulsão de Gorman, tornada pública na semana passada, foi uma resposta a ações anteriores dos EUA contra diplomatas russos em Washington, disse o Kremlin.
"As expulsões em massa de diplomatas e a crescente 'guerra de vistos' não são nossa decisão", disse a porta-voz do Ministério das Relações Exteriores da Rússia, Maria Zakharova.
Washington mantém uma política de não permitir que diplomatas russos permaneçam nos Estados Unidos por mais de três anos, disse o funcionário do Departamento de Estado.