O balanço anterior registrava 22 vítimas fatais, mas 31 corpos foram encontrados em Lunga, na costa do Oceano Índico, uma área isolada pelos bloqueios de estradas provocados pelo ciclone.
O secretário de Estado da província, Mety Gondola, visitou a região na quarta-feira e descreveu uma "situação dramática".
"Infelizmente, registramos 31 mortes adicionais", disse
"O número de vítimas pode aumentar à medida que as operações de resgate continuam nos distritos mais afetados", acrescentou.
Gombe, que atingiu Moçambique no dia 11 de março, afetou particularmente a província de Nampula, a mais populosa do país, onde milhares de casas foram destruídas.
O país já havia sido atingido em janeiro pela tempestade tropical Ana, que deixou mais de 100 mortos no sul da África.