Ibrahim Oweidat, de 20 anos, "não resistiu aos ferimentos críticos provocados por tiros disparados na cabeça durante a manhã no campo de Aqabat Jaber", afirmou o ministério em um comunicado.
Um porta-voz do exército israelense informou que o caso está sendo investigado.
A agência de notícias palestina Wafa afirmou que três homens ficaram feridos quando forças "disfarçadas" invadiram o campo à noite.
O exército de Israel indicou em nota à AFP que os soldados realizaram uma operação noturna em Aqabat para "prender suspeitos procurados".
"Durante a operação, dezenas de palestinos se revoltaram violentamente e atacaram os soldados. Os manifestantes queimaram pneus e lançaram pedras e coquetéis Molotov contra os soldados", disse o exército.
Nas últimas semanas aconteceram confrontos em Israel e na Cisjordânia ocupada, em parte devido à coincidência em abril do mês sagrado muçulmano do Ramadã, da Páscoa judaica e da Semana Santa cristã.
Desde 22 de março, ataques contra o território de Israel deixaram 14 mortos. As represálias israelenses provocaram as mortes de 25 palestinos, incluindo Oweidat e autores de atentados.
Também foram registrados confrontos violentos na Esplanada das Mesquitas em Jerusalém Orientakl, o que provocou temores de um novo conflito armado após a guerra de 11 dias iniciada por uma situação similar em 2021.