Com mais de 90% das urnas apuradas, Ferdinand Marcos Jr. havia conseguido quase 30 milhões de votos, mais que o dobro da candidata liberal Leni Robredo.
No entanto, espera-se que os resultados finais levem semanas para serem verificados.
Cerca de 67 milhões de filipinos estavam habilitados a votar nessas eleições gerais, nas quais são eleitos também o vice-presidente, deputados, metade dos senadores, governadores de províncias e outros milhares de responsáveis locais.
Quarenta anos depois de seu pai ser deposto e enviado ao exílio, Ferdinand Marcos Jr. parece estar rumo a restaurar o poder da família.
Eleitores de máscara formaram filas desde o amanhecer para depositar os votos ao longo do arquipélago.
Marcos Jr., de 64 anos, votou com a irmã mais nova, Irene, na escola Mariano Marcos da cidade de Batac, norte do país e terra natal da família.
Por sua vez, Robredo foi recebida por simpatizantes aos gritos de "Leni, Leni" quando votou em uma escola do município de Magrao, no centro do país.
Após uma campanha acirrada, as pesquisas apontavam uma vantagem de dois dígitos de Marcos sobre Robredo.
A lei eleitoral filipina determina a vitória do candidato com mais votos, sem a necessidade de um percentual mínimo de apoio.
- Direitos ameaçados -
A campanha de Marcos trabalhou para esconder o histórico brutal e corrupto do regime de seu pai e para aproveitar o desencanto dos eleitores com os últimos governos.
Depois de seis anos de governo autoritário de Duterte, defensores dos direitos humanos, a Igreja Católica e analistas políticos expressam o temor de que Marcos se sinta estimulado a governar de maneira ainda mais dura se vencer por ampla margem.
"Acreditamos que a crise de direitos humanos vai piorar no país", declarou Cristina Palabay, secretária-geral da aliança Karapatan de direitos humanos.
Robredo, uma advogada e economista de 57 anos, prometeu limpar a política filipina, uma democracia com longa tradição de feudalismo e corrupção.
Marcos e sua candidata a vice-presidente, Sara Duterte, ambos filhos de líderes autoritários, insistiram que são os mais preparados para unificar o país.
Outros candidatos eram o ex-boxeador Manny Pacquiao e o ator Francisco Domagoso.
- Violência -
Vários episódios de violência foram registrados na jornada eleitoral, incluindo as mortes de quatro seguranças quando um homem abriu fogo contra um local de votação em uma área de conflito do sul do país.
O crime aconteceu pouco depois do início da votação no município de Buluan, na ilha de Mindanao, que tem forte presença de grupos armados, que vão de insurgentes comunistas até militantes islamitas.
Homens armados também atacaram um local de votação na província de Lanao do Sul, em Mindanao. Uma pessoa morreu e duas ficaram feridas.
No domingo à noite, cinco granadas explodiram diante de um centro de votação no município de Datu Unsay e nove pessoas ficaram feridas.
Um porta-voz da Comissão Eleitoral disse que tentavam verificar se as ações tinham relação com as eleições.