Petro, de 62 anos, venceu a eleição com vantagem de 3,2 pontos percentuais sobre o excêntrico magnata, que admitiu rapidamente sua derrota.
O senador e ex-guerrilheiro venceu o adversário por 716.201 votos, após a apuração de 99,4% dos votos.
"Hoje é dia de festa para o povo. Que festeje a primeira vitória popular (...) É o dia das ruas e das praças", escreveu o presidente eleito no Twitter, comemorando sua vitória.
Em um centro de convenções no centro de Bogotá, seus simpatizantes explodiram de alegria ao conhecer o resultado.
"Comemoro porque, enfim, vamos ter uma mudança, isto é algo que os territórios esperavam (...) Isto demonstra que há esperança", disse à AFP Lusimar Asprilla, uma acadêmica afro de 25 anos.
Com a eleição de Petro, a Colômbia entra em uma nova era política, sem um governo dos partidos tradicionais, derrotados no primeiro turno, também vencido por Petro.
Os dois candidatos chegaram ao segundo turno empatados nas intenções de voto. Temia-se um resultado muito apertado que desencadeasse protestos diante de suspeitas de fraude que Petro mencionou durante o dia.
O esquerdista sucederá o conservador Iván Duque a partir de 7 de agosto para um mandato de quatro anos. A líder ambientalista Francia Márquez também fará história, após ser eleita a primeira vice-presidente negra da Colômbia.
Em uma transmissão ao vivo pelo Facebook, Hernández aceitou o resultado. "Desejo ao doutor Gustavo Petro que saiba dirigir o país, que seja fiel ao seu discurso contra a corrupção", disse.
- "Justiça social e paz" -
Cerca de 39 milhões de eleitores foram convocados a votar voluntariamente em um ambiente altamente polarizado.
Duramente reprimidos, os protestos de 2019, 2020 e 2021 refletiram um profundo mal-estar com a desigualdade e a falta de oportunidades, principalmente entre os jovens, e impulsionaram o declínio de Duque e mais adiante o das forças tradicionais.
Com a pandemia, agravou-se a pobreza, que hoje atinge 39% dos 50 milhões de colombianos. O desemprego beira os 11% e a informalidade, os 45%.
Entre os outros desafios que o novo governo terá que enfrentar está o narcotráfico e a violência associada, com vários grupos armados espalhando-se pelo território.
Petro e Hernández chegaram a esta eleição com duas propostas de ruptura e mudança, mas com modelos opostos.
O vencedor das eleições propõe fortalecer o Estado, transformar o sistema de saúde e pensões, e suspender a exploração petroleira para dar espaço às energias limpas diante da crise climática.
"O país precisa de justiça social para poder se construir em paz (...) Ou seja, menos pobreza, menos fome, menos desigualdade, mais direitos. Se não faz isso, a violência se aprofunda", afirma Petro.
Também durante a campanha, anunciou que restabelecerá relações com a Venezuela, rompidas desde 2019, implementará o acordo de paz de 2016 com as extintas Farc e dialogará com o Exército de Libertação Nacional, a última guerrilha reconhecida no país.
Setores poderosos e das Forças Armadas resistem a Petro por seu passado e seus projetos de reformas, que temem que possam afetar a propriedade privada e levem o país a um socialismo fracassado.
Com o resultado deste domingo, os militares terão que jurar lealdade a um ex-guerrilheiro em um país traumatizado por um conflito de seis décadas com os rebeldes de extrema esquerda.
Após um mandato conflituoso à frente da prefeitura de Bogotá, Petro deverá demonstrar que é capaz de trabalhar em equipe para governar o país e alcançar consensos.
Ele tem uma "personalidade que muitos associam com a intransigência, a teimosia e um ego que limita o diálogo", afirma a cientista política da Universidade Javeriana Patricia Muñoz.