Droupadi Murmu, da tribo santhal, obteve o apoio de mais da metade dos deputados, segundo os resultados parciais publicados pela Comissão Eleitoral.
Aos seus 64 anos, Murmu se torna a primeira presidente natural de uma tribo e a segunda mulher presidente da Índia, depois de Pratibha Patil, que ocupou o cargo durante cinco anos a partir de 2007.
Modi tuitou para parabenizar Murmu, dizendo que seu "sucesso exemplar motiva cada indiano".
"Surgiu como um raio de esperança para nossos cidadãos, especialmente os pobres, marginalizados e oprimidos", comentou.
Seu rival mais próximo, o opositor Yashwant Sinha - ex-membro do Partido Bharatiya Janata (BJP) e ex-ministro das Finanças e Relações Exteriores - também tuitou seus parabéns.
"A Índia espera que, como 15ª Presidente da República, guarde a Constituição sem medo ou favor", escreveu Sinha.
Nascida no distrito de Mayurbhanj, no estado de Odisha, a presidente eleita começou sua carreira como professora antes de ingressar na política.
Ela ocupou cargos ministeriais no governo estadual e foi governadora do estado vizinho de Jharkhand.
"Como uma mulher tribal do remoto distrito de Mayurbhanj, não pensei em me tornar candidata ao primeiro lugar", disse ela a repórteres logo após sua nomeação este mês.
Murmu era favorita devido à força do BJP no poder e seus aliados tanto no parlamento quanto nas assembleias estaduais.
Mas o cargo é em grande parte cerimonial e sua eleição não deve fazer uma diferença prática para a comunidade tribal, há muito relegada à margem da sociedade.