"Um mártir de 29 anos e 16 pessoas feridas por tiros ou estilhaços após a agressão israelense em Jenin", afirmou o ministério em um comunicado.
Fontes médicas e das forças de segurança identificaram o homem assassinado como Mohamad Sabaaneh, que foi atingido por um tiro na cabeça.
O corpo, envolvido em uma bandeira palestino e em um keffiyeh, o lenço tradicional, foi levado por Jenin para o funeral.
"Um soldado atirou contra ele em seu jipe. Estávamos dormindo quando recebemos a ligação com a notícia de que estava gravemente ferido", disse à AFP seu pai, Musa Sabaaneh.
Durante a noite, o exército israelense anunciou uma operação em Jenin para destruir a residência do autor de um atentado que deixou três mortos em 7 de abril em Tel Aviv.
O atentado foi executado por Raed Hazem, um palestino "sem vínculo conhecido" com algum grupo armado, segundo o serviço de inteligência de Israel, e que foi morto pela polícia após uma perseguição pelas ruas de Tel Aviv.
Sua família recorreu à Suprema Corte de Israel para impedir a demolição da casa, mas a apelação foi rejeitada no final de maio, segundo o exército.
Na operação desta terça-feira, o exército israelense afirmou que enfrentou um "distúrbios violentos".
"Os manifestantes queimaram pneus, atiraram pedras, coquetéis molotov e artefatos explosivos contra as forças israelenses", indicou o exército em um comunicado.
A nota afirma ainda que os soldados "responderam com meios de dispersão de distúrbios" e que várias pessoas foram "atingidas" por tiros. Nenhum soldado ficou ferido no incidente.
De meados de março até o início de maio, 19 pessoas morreram em uma onda de ataques contra israelenses, em particular na região de Tel Aviv.
Alguns ataques foram executados por árabes-israelenses ligados ao grupo Estado Islâmico (EI) e outros por palestinos, alguns deles procedentes de Jenin, reduto das facções armadas no norte da Cisjordânia.