A decisão seguiu uma "investigação independente sobre queixas específicas de comportamento inadequado no local de trabalho contra" Tony Danker, disse o CBI em um comunicado.
A organização acrescentou que suspendeu três outros funcionários "pendendo mais investigações em andamento sobre uma série de acusações".
A economista Rain Newton-Smith, que trabalhou no CBI, retornará à organização como nova diretora-geral.
Danker já havia sido afastado de suas funções no início de março, enquanto a investigação estava em andamento.
Segundo o jornal The Guardian, uma funcionária apresentou uma denúncia formal contra ele por "contatos não solicitados", considerados como "assédio sexual", vinculados a observações verbais e também a inúmeras mensagens ao longo de mais de um ano, "algumas com linguagem sexualmente sugestiva".
"As acusações levantadas contra o CBI nas últimas semanas foram devastadoras", disse o sindicato em um comunicado nesta terça-feira.
"Enquanto as investigações sobre várias delas continuam, já está claro para todos nós que houve falhas graves na forma como agimos como organização", acrescentou.
De acordo com o The Guardian, mais de uma dúzia de mulheres dizem ter sido vítimas de agressões sexuais por altos funcionários do CBI, incluindo uma mulher que relatou ter sido estuprada em uma festa da equipe.