Corpos das vítimas estão sendo encontrados em valas comuns em floresta. Mais 16 cadáveres foram exumados nesta terça, elevando o total a 89, disse o ministro.
O número pode subir ainda mais. Segundo estimativa da Cruz Vermelha, ao menos 200 pessoas estão desaparecidas na região.
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"A maioria dos corpos encontrados é de crianças", disse um legista em condição de anonimato à AFP.
Três pessoas foram localizadas com vida. Ao todo, 34 pessoas sobreviveram ao ritual.
Paul Mackenzie, líder do culto, foi detido no último dia 14, após uma fonte anônima denunciar a existência dessas valas comuns.
Seita diz que os seguidores encontram o caminho para o céu morrendo de fome. Segundo a polícia, várias testemunhas disseram ter sofrido "lavagem cerebral".
Presidente promete "medidas contundentes". William Ruto afirmou que vai endurecer punição contra pessoas que "usam a religião para cometer atos horríveis".