Peña, um conservador de 44 anos, recebeu 42% dos votos, ficando à frente de Alegre, apoiado por uma coalizão de centro esquerda, com 27%, anunciou a autoridade eleitoral paraguaia, após a apuração da quase totalidade das urnas.
O ex-deputado de direita e antissemita Paraguayo Cubas ficou em terceiro lugar, com 22% dos votos. A participação do eleitorado foi de 63%.
Peña substituirá o atual presidente, Mario Abdo Benítez, a partir de 15 de agosto para um mandato de cinco anos.
Em suas primeiras palavras como presidente eleito, Peña agradeceu o apoio do ex-presidente Horacio Cartes (2013-2018), seu padrinho político, alvo de sanções dos Estados Unidos, que o classificam como "significativamente corrupto".
"Muito obrigado, meu querido presidente da Associação Nacional Republicana (ANR, Partido Colorado), Horacio Cartes. Admiro a imensidão de sua obstinada dedicação ao partido", discursou Peña ao lado do ex-presidente, diante dos aplausos de apoiadores na sede de campanha.
Pouco após o anúncio da justiça eleitoral, Alegre reconheceu a derrota.
"O esforço não foi suficiente. O povo em sua maioria votou pela mudança, mas pela divisão não foi possível. A cidadania nos ensina que unidos somos maioria", disse à imprensa.
- Hegemonia colorada -
Os colorados também tiveram a maior votação no Congresso, com 43% dos votos no Senado, contra 23% para a Concertação, de Alegre, e 11% da Cruzada Nacional, de Cubas. A autoridade eleitoral ainda não anunciou como os assentos na Câmara baixa serão distribuídos.
Dos 17 governos estaduais, 14 ficaram com a situação.
O Partido Colorado governou o Paraguai durante a maior parte das últimas sete décadas, sob a ditadura e sob a democracia, com uma breve interrupção durante o governo do esquerdista Fernando Lugo (2008-2012), que sofreu um impeachment um ano antes do fim de seu mandato.
Os colorados, "na adversidade, sabem superar os obstáculos para se manter no poder", disse à AFP Roberto Codas, analista político e econômico da consultoria Desarrollo Empresarial.
"Neste caso, 'Payo' Cubas o ajudou, pois ficou como terceira força. Tomou votos de ambos os grupos, mas os mais afetados foram os opositores" do governo, disse.
- "Significativamente corruptos" -
A campanha eleitoral ocorreu simultaneamente com as sanções dos Estados Unidos contra alguns dos mais importantes líderes colorados, como Cartes e o vice-presidente Hugo Velázquez.
O Paraguai, no centro da América do Sul, é considerado um ponto de trânsito de drogas para Brasil e Argentina antes de sua saída rumo a Europa e Ásia.
Em 2022, o promotor Marcelo Pecci e o prefeito José Carlos Acevedo foram assassinados, em crimes atribuídos ao narcotráfico.
Embora o Paraguai tenha uma das economias que mais crescem na América Latina - com previsão de +4,5% para o PIB em 2023, segundo o Fundo Monetário Internacional -, a pobreza atinge 24,7% da população, que sofre com enormes desigualdades.
Peña propôs a criação de 500 mil empregos. "A partir de amanhã (esta segunda) vamos começar a desenhar o Paraguai que todos queremos, sem as desigualdades grosseiras, nem as injustas assimetrias sociais. Temos muito a fazer", disse Peña em seu discurso da vitória.
Para o analista econômico Rubén Ramírez, o governo de Peña será "confortável" para os investidores, que valorizam a estabilidade econômica do Paraguai.
"Ele é jovem, foi membro do Conselho do Banco Central, foi Ministro da Fazenda, ex-funcionário do Fundo Monetário Internacional e conhece os códigos de desenvolvimento de um país que enfrenta o mundo exterior em questões econômicas", analisou.
- Entre Taiwan e Jerusalém -
Questões controversas de política externa também foram abordadas na campanha.
Peña defendeu os vínculos com Taiwan, em resposta a declarações opostas de Alegre, que havia dito que, em caso de vitória, analisaria a continuidade das relações diplomáticas do Paraguai com a ilha, já que "significam a perda de um dos maiores mercados, a China".
Nesta segunda, a presidente de Taiwan, Tsai Iong-wen, cumprimentou Peña.
"Espero avidamente aprofundar as relações de longa data entre nossos países e ver o governo e o povo do Paraguai prosperar com sua liderança", reagiu pelo Twitter.
O presidente eleito também antecipou dias atrás que pretende reconhecer Jerusalém como capital de Israel, ao anunciar a sua vontade de mudar novamente a sede da embaixada paraguaia para aquela cidade, uma medida que, em sintonia com Donald Trump, Cartes tinha tomado no final de seu governo e que Abdo reverteu.
Na noite de domingo, o Itamaraty cumprimentou Peña, a quem desejou sucesso em seu mandato.
"Reafirmando os históricos laços de amizade entre Brasil e Paraguai e a elevada prioridade atribuída à relação bilateral, manifesta sua disposição de seguir aprofundando a parceria em prol do desenvolvimento econômico e social dos dois países e de toda a América do Sul", manifestou-se o Ministério das Relações Exteriores em um comunicado.
O presidente argentino, Alberto Fernández, falou por telefone com Peña para cumprimentá-lo e o presidente eleito também recebeu saudações dos presidentes de Chile, Equador e Bolívia, entre outros.