A ordem de evacuação não obrigatória foi emitida para mais de 410.000 pessoas na cidade de Toyota, na região de Aichi (centro), assim como em outras partes do oeste e do centro do país.
Também foi emitido outro alerta para 130.000 pessoas na cidade de Toyohashi, também em Aichi, informou a televisão pública NHK.
Na região de Wakayama (oeste), vários rios transbordaram.
"Pedimos aos moradores [nas áreas afetadas] que estejam extremamente atentos aos deslizamentos de terra, inundações e rios com cheias ou transbordados", disse o porta-voz do governo, Hirokazu Matsuno, à imprensa.
"Esperam-se chuvas extremamente fortes com tempestades elétricas em uma grande área do oeste ao leste do Japão durante os próximos três dias", devido à tempestade, que começou sendo um tufão, mas que baixou de intensidade.
Os trens de alta velocidade Shinkansem foram suspensos entre Tóquio e Nagoia, segundo a Japan Railway, e a NHK disse que mais de 200 voos foram cancelados.
Os cientistas atribuem à mudança climática a intensificação do risco de fortes chuvas no Japão e em outros lugares, porque uma atmosfera mais quente retém mais água.
As fortes chuvas de 2021 provocaram um devastador deslizamento de terra na cidade turística de Atami (centro) que matou 27 pessoas.
No início desta semana, Mawar, que era um tufão, passou pelo norte da ilha de Guam no Pacífico, arrancando árvores e deixando dezenas de milhares de casas sem eletricidade temporariamente.
TÓQUIO