Os incidentes ocorreram um dia depois que grupos paramilitares anunciaram a apreensão do complexo de Yarmouk, a maior instalação da indústria militar no Sudão.
"Ouvimos tiros e confrontos" no sul de Cartum, perto do complexo de Yarmouk, disseram testemunhas à AFP.
Na madrugada de quarta para quinta-feira, testemunhas no local também relataram barulho alto e um incêndio após a explosão de um dos tanques da instalação petrolífera de Al Shajara, perto de Yarmouk.
Embora a causa do incêndio não tenha sido determinada, testemunhas dizem que os arredores da instalação, de onde ainda saíam colunas de fumaça nesta quinta-feira, foram palco de combates por mais de 48 horas.
Na quarta-feira, as FAR anunciaram em um comunicado que assumiram o controle de Yarmouk e "seus estoques de munição" depois que os soldados regulares fugiram.
Também postaram um vídeo no Twitter mostrando um depósito com metralhadoras, morteiros e grandes quantidades de munição.
A guerra entre o exército do general Abdel Fatah al Burhan e os paramilitares liderados pelo general Mohamed Hamdan Daglo deixou mais de 1.800 mortos desde que começou, em 15 de abril.
Além disso, quase dois milhões de pessoas deixaram suas casas, das quais mais de 476.000 se refugiaram em países vizinhos, segundo os últimos dados da ONU.