O barco pesqueiro em que as vítimas viajavam afundou em águas internacionais, a 47 milhas náuticas (87 quilômetros) da costa da Grécia, anunciou a Guarda Costeira.
Após uma ampla operação de resgate, dificultada pelos fortes ventos, mais de 100 pessoas foram resgatadas com vida.
O porta-voz da Guarda Costeira, Nikolaos Alexiou, declarou à televisão estatal ERT que os trabalhos de buscas e resgate continuariam durante a noite.
"O barco pesqueiro tinha entre 25 e 30 metros de comprimento. Seu convés estava cheio de gente e supomos que seu interior estivesse tão cheio quanto", disse ele à rede ERT.
"Centenas" de migrantes poderiam estar na embarcação, afirmou à AFP uma fonte do Ministério grego das Migrações. "Tememos que haja uma número muito maior de pessoas desaparecidas", acrescentou a fonte.
"Não sabemos o que havia no porão... Mas sabemos que muitos atravessadores trancam as pessoas para manter o controle", disse à ERT o porta-voz do governo, Ilias Siakantaris.
Segundo Siakantaris, o Executivo recebeu informação - ainda não confirmada - de que a embarcação poderia levar até 750 pessoas.
De acordo com ele, o motor parou de funcionar pouco antes das 23h GMT (20h de Brasília) de terça-feira e o barco virou em uma das áreas mais profundas do Mediterrâneo.
A embarcação afundou entre 10 a 15 minutos, aproximadamente, acrescentou Siankantaris em nota à imprensa.
Os sobreviventes são principalmente da Síria, Paquistão e Egito, detalhou Alexiou.
Um deles contou aos médicos do hospital de Kalamata, para onde vários sobreviventes foram levados, que havia visto uma centena de crianças no porão do barco, segundo a ERT.
A operação de resgate teve a participação das patrulhas da Guarda Costeira, de uma fragata da Marinha grega, de um avião e um helicóptero da Força Aérea, além de seis barcos que já estavam na região.
A presidente grega, Katerina Sakellaropoulou, visitou Kalamata e conversou com autoridades sobre os trabalhos de resgate e o alojamento que será disponibilizado aos sobreviventes.
- Três dias de luto -
A Grécia é governada por um Executivo interino até as eleições de 25 de junho. O gabinete do premiê interino, Ioannis Sarmas, declarou três dias de luto oficial e acrescentou que os pensamentos do país estão "com todas as vítimas dos impiedosos atravessadores que se aproveitam das desgraças humanas".
A presidente da Comissão Europeia, Ursula van der Leyen, se disse "profundamente entristecida" com a notícia e "muito preocupada com o número de pessoas desaparecidas".
"Devemos continuar trabalhando juntos, com os Estados-membros e com países terceiros para evitar este tipo de tragédia", acrescentou.
A Grécia viveu outras várias tragédias com embarcações, frequentemente antigas e superlotadas, mas este é o balanço de perdas humanas mais grave desde um naufrágio em 3 de junho de 2016, que deixou 320 mortos ou desaparecidos.
- Passageiros "recusaram ajuda" -
Segundo a imprensa grega, cerca de 30 pessoas foram levadas ao hospital do porto. O porta-voz da guarda costeira, por sua vez, informou que quatro que se encontravam em estado mais grave foram levadas de helicóptero ao hospital.
Um avião de vigilância da agência europeia Frontex detectou a presença da embarcação na tarde de terça-feira, mas os passageiros "recusaram a ajuda", de acordo com um comunicado divulgado pelas autoridades portuárias gregas.
As autoridades gregas informaram que, no momento do naufrágio, ninguém a bordo usava colete salva-vidas.
Tudo indica que o barco partiu da Líbia e tinha a Itália como destino, segundo as autoridades.
Também nesta quarta-feira, um veleiro em dificuldades com 80 migrantes a bordo, que navegava nas proximidades de Creta também foi resgatado e rebocado pela Guarda Costeira até o porto de Kaloi Limenes, no sul da ilha, perto da Líbia, informou a polícia portuária grega.
Grécia, Itália e Espanha são os principais destinos das dezenas de milhares de pessoas que tentam chegar à Europa, partindo da África e do Oriente Médio.
Com uma extensa fronteira marítima, a Grécia é uma rota frequente de imigrantes procedentes da vizinha Turquia. O país enfrenta crescentes tentativas de entrada por vias próximas das ilhas Cíclades a até o Peloponeso, para evitar as patrulhas no Mar Egeu, mais ao norte, cenário de muitos naufrágios, muitas vezes fatais.