"Conversamos sobre questões humanitárias ligadas às operações militares e à proteção dos direitos das crianças", escreveu a autoridade russa no Telegram, que incluiu em sua mensagem várias imagens com o cardeal italiano.
"Tenho certeza de que o amor cristão e a misericórdia ajudarão o diálogo e a compreensão recíproca", acrescentou.
Tanto ela quanto o presidente Vladimir Putin estão desde março sob mandado de prisão do TPI, que os considera suspeitos do "crime de guerra de deportação ilegal" de menores ucranianos durante a ofensiva russa no país vizinho.
Moscou rejeita essas acusações e diz que "salvou" essas crianças dos combates e implementou procedimentos para reuni-las com suas famílias.
O cardeal Zuppi, que chegou a Moscou na terça-feira, também se reuniu com o chefe da Igreja Ortodoxa russa, o patriarca Cirilo I, em um encontro pouco comum entre autoridades do clero de ambas as confissões.
"Estou muito feliz por ele ter chegado a Moscou", disse o patriarca, aliado de Putin, em um breve comunicado no início do encontro, segundo imagens divulgadas pela mídia russa.
Zuppi é membro da comunidade católica de Santo Egídio, que serve como canal diplomático informal do Vaticano, e visitou Kiev de 5 a 6 de junho.
A visita não permitiu avançar na resolução do conflito, mas o presidente ucraniano, Volodimir Zelensky, estimou que "a Santa Sé pode dar uma contribuição efetiva" para a libertação dos prisioneiros de guerra ucranianos e para o retorno das crianças "deportadas" - segundo Kiev - para o território russo.
A Ucrânia considera que pelo menos 20.000 menores foram levados ilegalmente para a Rússia.
"A missão que o santo padre Francisco confiou a sua eminência, o cardeal Zuppi, é identificar e encorajar iniciativas humanitárias que permitam trilhar um caminho que, esperamos, possa levar à tão ansiada paz", disse o núncio apostólico na Rússia, Giovanni D'Aniello, citado no canal Telegram da Santa Sé.
Em Moscou, Zuppi se reuniu na quarta-feira com o conselheiro diplomático do Kremlin, Yuri Uchakov.
E, também nesta quinta, preside uma concelebração eucarística na Catedral Católica de Moscou, antes de voltar para Roma na sexta-feira.
A visita de Zuppi é a primeira de um funcionário da alta hierarquia do Vaticano a Moscou desde o início da ofensiva russa na Ucrânia em fevereiro de 2022.