O atentado a um posto de controle na localidade de Beledweyne causou danos consideráveis nos edifícios ao redor, alguns dos quais desabaram.
Dezenas de pessoas ficaram presas sob blocos de tijolos e concreto.
"O balanço da explosão de ontem (sábado) passou de 13 para 21 mortos, após a descoberta de novos corpos sob os escombros de edifícios", disse Ahmed Yare Adan, um policial local, à AFP por telefone.
Além disso, pelo menos 45 pessoas ficaram feridas no ataque, cuja autoria não foi reivindicada e que teve como alvo uma movimentada área comercial e prédios residenciais.
"As pessoas continuam procurando familiares desaparecidos. Não sabem se estão vivos, ou mortos", frisou Ahmed Yare Adan.
De acordo com o subcomandante da delegacia de polícia de Beledweyne, Sayid Ali, as operações de busca e remoção ainda estão em andamento no local da explosão.
O presidente somali, Hasan Sheikh Mohamud, expressou suas condolências e reiterou seu compromisso de "eliminar" os islamistas radicais do Al-Shabab, que travam uma insurreição no país.
Este ataque ocorre no momento, em que o governo somali admite ter sofrido "vários reveses importantes" em sua ofensiva contra os radicais islâmicos do Al-Shabab.
Esta semana, o governo pediu à ONU um adiamento de três meses da retirada dos 3.000 soldados da Missão da União Africana de Transição na Somália (Atmis, na sigla em inglês), prevista para o final de setembro.