Os documentos também revelam que agentes policiais ligados à repressão não aceitaram a abertura política e a anistia ocorridas nos anos 80 e, à revelia da lei, continuaram espionando pessoas que consideravam de esquerda. Embora o Dops tenha sido extinto em 1983, existem fichas e prontuários no arquivo que datam de 1986 e suspeita-se que tenham prosseguido até 1988.
Não se trata, porém, de um arquivo íntegro. De acordo com o historiador Carlos Bacellar, coordenador do Arquivo Público, tudo indica que, em algum momento, ele passou por uma “limpeza”. Já se constatou a ausência de 160 prontuários. Eles estão mencionados no fichário, mas não foram encontrados.
O caso mais notório é o do governador Mário Covas. Por se opor à ditadura, ele foi cassado e lançado na lista dos simpatizantes do comunismo e tinha seus passos estritamente vigiados. Suspeita-se que, assim como já ocorreu com outros arquivos mantidos por policiais e órgãos das Forças Armadas, a “limpeza” se destinou, sobretudo, a proteger os agentes da repressão de futuras acusações de tortura, desaparecimento e outras violações de direitos humanos.