Uma pesquisa do economista Daniel Cerqueira, do Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada (Ipea), apontou indícios de manipulação nas estatísticas oficiais de criminalidade do Rio de Janeiro que mostraram suposta queda no número de homicídios no Estado desde o início do primeiro governo Sérgio Cabral (PMDB).Os números oficiais apontam diminuição de 28,7% nos assassinatos entre 2007 a 2009, mas o estudo de Cerqueira, doutor em economia pela Pontifícia Universidade Católica do Rio (PUC-RJ) mostra que o Estado pode ter ocultado do número total as mortes com causa externa indeterminada, nas quais o motivo não é definido entre homicídio, suicídio e acidente. Os óbitos externos sem motivação determinada passaram de 1.857, no período de 2000 a 2006, para 4.021 entre 2007 e 2009.

O estudo mostra que o perfil das vítimas do homicídio é bem diferente dos mortos em acidentes e suicidas. Os assassinados são jovens com cerca de 20 anos, pretos ou pardos, estudaram no máximo até o ensino fundamental e 80% são mortos por armas de fogo na rua. Já o suicida típico é branco, tem em torno de 45 anos e morre enforcado em casa. Vítimas de acidentes violentos são comumente idosos, entre 70 a 80 anos, com pouca escolaridade. Na maioria das mortes catalogadas como "causa indeterminada" no Rio a vítima é jovem, estava na rua e foi morta a tiros - perfil típico da vítima de assassinato - o que pode ser indício da manipulação.

O número de mortes indeterminadas, cujas vítimas foram vítimas de Perfuração de Arma de Fogo (PAF) cresceu 263% nos últimos três anos no Estado. Apenas em 2009, 2.797 pessoas morreram sem que o Instituto Médico-Legal sequer apontasse a causa. A pesquisa de Cerqueira, "Mortes violentas não esclarecidas e impunidade do Rio de Janeiro" foi divulgada no site do Fórum Brasileiro de Segurança Pública. Inconsistências nas estatísticas de mortes por causas externas não determinadas no Rio já tinham sido apontadas pelo jornal O Estado de S.Paulo em sua edição de 7 de junho.

Responsável pela divulgação dos índices de criminalidade no Rio, o Instituto de Segurança Pública (ISP) não se manifestou sobre o assunto. O órgão é dirigido por oficiais da Polícia Militar desde 2008, quando a ex-diretora, a antropóloga Ana Paula Miranda foi demitida após recorde de pessoas mortas pela polícia nos autos de resistência (suposto confronto entre agentes e criminosos). Na ocasião, ela acusou a Secretaria de Segurança Pública do Rio de "fabricar a queda de homicídios".

Desde março, após o Ministério da Saúde cobrar explicações, a Secretaria de Saúde e o ISP formaram um convênio para esclarecer os casos de morte de "intenção indeterminada". No entanto, nenhum resultado foi divulgado até o momento. A Polícia Civil do Rio informou que se pronunciará apenas amanhã sobre o estudo. O Ministério da Saúde apenas informou que não recebeu a pesquisa e que a responsabilidade sobre o preenchimento dos registros é dos Estados.