Dois índios foram expulsos do Supremo Tribunal Federal (STF) por atrapalhar a sessão de julgamento da constitucionalidade do sistema de cotas raciais nas universidades públicas. Durante o voto do ministro Luiz Fux, os índios Araju Sepeti Guarani e Carlos Pankararu iniciaram uma manifestação no plenário e foram repreendidos mais de três vezes pelo presidente da Suprema Corte, Carlos Ayres Britto. Após alguns minutos, Britto suspendeu a sessão até que eles fossem retirados do local.
A Universidade de Brasília (UnB) foi a primeira instituição federal de ensino a instituir o sistema de cotas, em junho de 2004. Atos administrativos e normativos determinaram a reserva de 20% das vagas a candidatos negros (pretos e pardos). A comissão que implementou as cotas para negros também foi responsável pelo convênio entre a UnB e a Fundação Nacional do Índio (Funai), firmado em 12 de março de 2004, para fdacilitar o acesso de índios ao ensino superior.