A Força Aérea Brasileira (FAB) participa da operação com esquadrões de caças F5 e Super Tucano, além de aviões-radar e veículos aéreos não tripulados. O Exército mobilizou infantaria e blindados Urutu e Cascavel de três divisões. As três Forças usam ainda helicópteros Black Hawk e Pantera, para transporte de tropas e missões de ataque.
A operação terá ainda o apoio de 30 agências governamentais, entre elas a Polícia Federal, que elevarão o efetivo total para cerca de 10 mil homens. O general Carlos Bolivar Goellner, comandante militar do Sul, disse que a área crítica de patrulhamento é entre as cidades de Foz do Iguaçu, no Paraná, e Corumbá, em Mato Grosso do Sul, onde é maior a maior incidência de tráfico de drogas e contrabando.
A presidenta Dilma Rousseff ordenou a Amorim a execução da Operação Ágata 5. "A ação visa a reforçar a presença do Estado na fronteira com a Bacia do Prata", disse Goellner. Segundo ele, as fronteiras serão fortemente guarnecidas e como consequência o tráfico de drogas e o contrabando devem ser "sufocados".