Em nota, o governador Raimundo Colombo ressaltou que por "questões técnicas" não recorreu à Força Nacional de Segurança e destacou que as polícias do estado, os agentes penitenciários e polícia Federal estão trabalhando de forma integrada. "Temos o efetivo necessário e essa decisão de não trazer a Força Nacional para Santa Catarina foi tomada em conjunto com o Ministério da Defesa. Não se trata de arrogância, não temos nenhum problema em aceitar ajuda. O governo federal é parceiro de Santa Catarina no combate à criminalidade. Está nos cedendo as vagas nas penitenciárias federais e nos ajudando na área da inteligência." O governador ressaltou ainda que repudia "os excessos" cometidos na penitenciária de Joinville. Os agentes que atuaram no episódio foram afastados e o caso está sendo apurado.
Pente-fino A Polícia Civil investiga se houve abuso de agentes penitenciários em uma operação pente-fino no presídio de Joinville, em 18 de janeiro, que pode estar relacionada aos ataques contra ônibus em todo o estado. As imagens do circuito interno mostram agentes penitenciários utilizando spray de pimenta e disparando balas de borracha, mesmo com os presos sob controle.
No dia 6, o ministro da Justiça, José Eduardo Cardozo, e o governador de Santa Catarina se reuniram em Brasília. Cardozo colocou a Força Nacional de Segurança Pública, a Polícia Federal e a Polícia Rodoviária Federal à disposição do Estado. Disse ainda que, se houver necessidade de transferência de presos envolvidos nos atentados para presídios nacionais de segurança máxima, existem cerca de 300 vagas disponíveis.