O relatório, assinado pelo juiz auxiliar da presidência do CNJ, Douglas de Melo Martins, foi encaminhado ao presidente do conselho, ministro Joaquim Barbosa. O documento ressalta que o acesso a alguns pavilhões depende de negociação com os líderes de facções criminosas e que os "chefes de plantão e diretores das unidades não eram capazes de garantir a segurança da equipe que inspecionava a unidade, sob o fundamento de que as facções poderiam considerar a inspeção em dia de visita íntima como um ato de desrespeito". O texto também aponta que em algumas unidades, em dias de visita íntima, as mulheres dos presos são levadas para os pavilhões e as celas são abertas. "Os encontros íntimos ocorrem em ambiente coletivo. Com isso, os presos e suas companheiras podem circular livremente em todas as celas do pavilhão, e essa circunstância facilita o abuso sexual praticado contra companheiras dos presos sem posto de comando nos pavilhões".
O documento do CNJ enfatiza, ainda, que "a extrema violência é a marca principal das facções que dominam o sistema prisional maranhense", e cita um vídeo enviado pelo sindicato dos agentes penitenciários em que aparece um preso com a pele de uma das pernas dissecada, expondo músculo, tendões, vasos e ossos, antes de ele ser morto nas dependências do Complexo Penitenciário de Pedrinhas.
A crise prisional no Maranhão veio à tona em outubro, quando houve uma rebelião no Complexo de Pedrinhas, deixando nove mortos e 20 feridos. O episódio assustou parte dos moradores de São Luís em razão da suspeita de que a rebelião tivesse sido provocada por uma disputa entre facções criminosas e que o conflito pudesse ganhar as ruas da capital maranhense. Após a rebelião, a governadora Roseana Sarney decretou estado de emergência no sistema prisional e pediu ao Ministério da Justiça que enviasse efetivos da Força Nacional de Segurança para garantir a segurança no presídio. Ainda em outubro, o Ministério Público Federal (MPF) e a Defensoria Pública da União (DPU) encaminharam representação ao procurador-geral da República, Rodrigo Janot, pedindo a intervenção federal na administração penitenciária do Maranhão.
Há duas semanas, Janot solicitou à governadora informações sobre o sistema carcerário no Maranhão para subsidiar um eventual pedido de intervenção federal no estado devido à situação dos presídios. Na mesma época, também em razão das mortes provocadas este ano por brigas entre facções rivais no Complexo Penitenciário de Pedrinhas, a Comissão Interamericana de Direitos Humanos (CIDH), órgão da Organização dos Estados Americanos (OEA), pediu ao governo brasileiro a redução imediata da superlotação das penitenciárias maranhenses e a investigação dos homicídios ocorridos.
Em nota, divulgada em seu site, o governo do Maranhão reafirma que "sempre agiu em conjunto com todos os setores que atuam na defesa dos direitos humanos e daqueles que promovem a garantia da justiça e segurança" e enfatiza que, por meio do Programa Viva Maranhão, o governo está investindo R$ 131 milhões na construção e no reaparelhamento do sistema penitenciário do estado. Os recursos servirão para equipar as unidades com armamentos, portais detectores de metal, esteiras de raio X, estações de rádio, coletes, algemas e veículos. O comunicado ressalta também que o sistema prisional do estado terá o reforço de sete novos presídios e que mais dois, construídos com recursos do Departamento Penitenciário Nacional (Depen), do Ministério da Justiça, estão com aproximadamente 80% dos serviços concluídos.