Os réus foram acusados pelo Ministério Público Federal (MPF) de atentado contra a segurança do transporte aéreo. Os promotores apresentaram laudos e pareceres para provar que Castro e Fajerman, então respectivamente vice-presidente de Operações e diretor de Segurança da TAM, tinham conhecimento das péssimas condições de pouso na pista do aeroporto - e que não divulgaram procedimentos que deveriam ser tomados para que a aeronave não derrapasse.
A ex-diretora da Anac foi acusada por ter liberado a pista de Congonhas sem a realização de reparos que tornariam o local menos escorregadio em dias de chuva com uma técnica chamada de "serviço de grooving" e por não inspecionar a área antes de permitir a movimentação dos aviões..