Policiais da Força Nacional estão atuando no estado, desde outubro de 2013, com a missão de ajudar a controlar a crise no sistema prisional estadual. Eles chegaram a São Luís depois que nove presos foram mortos e ao menos 20 detentos ficaram feridos durante uma rebelião na maior unidade prisional do estado, o Complexo Penitenciário de Pedrinhas.
O episódio levou o governo estadual a decretar estado de emergência no sistema prisional por 180 dias, prazo durante o qual o Poder Executivo maranhense pode dispensar exigências burocráticas impostas à execução de obras públicas, construindo unidades prisionais em caráter emergencial. Em outubro, a Secretaria de Justiça e Administração Penitenciária (Sejap) anunciou o projeto de construir dez unidades prisionais e reformar os estabelecimentos já em funcionamento, criando, com isso, 2,8 mil vagas carcerárias.
Além da presença da Força Nacional, a segurança do Complexo Penitenciário de Pedrinhas foi reforçada pela atuação de policiais militares. A presença do efetivo policial, no entanto, não tem sido o bastante para impedir mortes e motins, como o registrado no último dia 6. Nos primeiros dias do ano, a rivalidade entre facções criminosas acabou chegando às ruas de São Luís de forma mais intensa e organizada, com ataques a ônibus e delegacias. Em um dos ônibus incendiados estava a menina Ana Clara Santos Sousa, de 6 anos, que morreu no dia 6 de janeiro em decorrência das queimaduras que sofreu.
Pelo menos sete presos morreram este ano no interior de cárceres maranhenses.
São Luís tem 11 unidades prisionais. Desse total, oito integram o Complexo de Pedrinhas. As demais são a Unidade Prisional de Olho d'Água, o Centro de Custódia de Presos Provisórios do Anil e a Unidade Prisional de Ressocialização de Paço do Lumiar, na região metropolitana da capital..