A Polícia Civil não descarta nenhuma possibilidade para a morte do coronel, desde homicídio por motivo de vingança a latrocínio (roubo seguido de morte). A possibilidade de a morte ter relação com o depoimento de Malhães na Comissão da Verdade também é investigada. Na ocasião, ele afirmou ter participado de torturas assassinatos e desaparecimentos de militantes políticos, inclusive dos restos mortais do ex-deputado Rubens Paiva.
À Comissão da Verdade, ele também contou detalhes sobre o funcionamento da Casa da Morte de Petrópolis, na Região Serrana fluminense, um centro clandestino de tortura e homicídios mantido pelo Centro de Informações do Exército (CIE).
Histórico
Na tarde da última quinta-feira, três homens invadiram o sítio de Malhães e fizeram ele, a mulher Cristina Batista Malhães e o caseiro Rogério de reféns por nove horas. Os criminosos levaram dois computadores, pelos menos três armas antigas colecionadas pelo militar, um aparelho de som, joias e cerca de R$ 700,00 em dinheiro.
Malhães foi mantido em seu próprio quarto, onde foi encontrado morto supostamente por asfixia. O corpo estava de bruços, com o rosto contra um travesseiro e apresentava sinais de cianose, que são características de sufocamento. Os criminosos amarraram Rogério e Cristina e foram embora depois do crime..