Entidades de direitos humanos e advogados que acompanharam o caso reagiram com perplexidade e insatisfação à decisão de anulação do julgamento do massacre do Carandiru. Instituições como a ONG Conectas, a Anistia Internacional e a Human Rights Watch direcionaram críticas ao Tribunal de Justiça paulista, e demonstraram intenção de buscar por meio de diálogo e protestos a reversão da medida.
Diretor executivo da Anistia no Brasil, Atila Roque disse à reportagem ter ficado chocado com a decisão, que classificou como "revés da Justiça em um dos casos mais emblemáticos de violação aos direitos humanos no sistema penitenciário". "Foi de longe o mais grave. Estamos falando de famílias que aguardaram mais de 20 anos pelo julgamento, o que por si só já demonstra uma tremenda anulação de direitos. Agora, o risco de impunidade pode colocar o País numa posição vexaminosa", disse.
Para o coordenador do Programa Justiça, da ONG Conectas, Rafael Custódio, o tempo conta contra o esclarecimento do caso, contribuindo para que não haja responsabilização. "Já podemos dizer que não houve Justiça nesse caso, ainda que haja um novo julgamento. Isso em razão do tempo que se arrasta. A notícia de anulação agora então só piora e é vergonhosa, diminuindo a mais alta Corte de São Paulo", disse.
A Human Rights Watch vê falha do Estado "em todas as frentes". "A decisão de anular o julgamento dos policiais reforça a tese de que a impunidade nos casos de abusos cometidos por agentes do Estado é a regra no Brasil e reflete a falha do Estado em todas as frentes, quando se trata de investigar e punir graves violações de direitos humanos, como torturas e execuções", declarou Maria Laura Canineu, diretora no Brasil da organização.
Integrante do Conselho de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana de São Paulo, o advogado Ariel de Castro Alves pediu celeridade nos novos trâmites e reforçou as críticas. "É uma afronta ao Brasil que um caso de tão grande repercussão, que marcou a década de 1990, não tenha tido até hoje um desfecho".