O inquérito foi aberto por ordem do juiz Ali Mazloum, da 7.ª Vara Federal, que condenou Protógenes a 3 anos e 11 meses de prisão por fraude processual e violação de sigilo funcional, crimes que o deputado nega. Mazloum mandou investigar ligações de Protógenes durante a Satiagraha - operação sobre suposto esquema de lavagem de dinheiro e evasão de divisas envolvendo o banqueiro Daniel Dantas, dono do Opportunity e condenado a 10 anos de prisão por corrupção ativa.
Mazloum autorizou a quebra do sigilo telefônico de Protógenes, acolhendo solicitação do delegado Amaro Vieira Ferreira, da Polícia Federal. O levantamento teria revelado dezenas de telefonemas do criador da Satiagraha a concorrentes de Dantas, além de contatos com a cúpula da Agência Brasileira de Inteligência (Abin). A aliança com a Abin pode levar ao trancamento da Satiagraha. Para dois ministros do Superior Tribunal de Justiça, que votaram pela concessão de habeas corpus da defesa de Dantas, o emprego de arapongas da Abin na operação foi ilegal. Outros três ministros vão votar.
O inquérito sobre Protógenes acabou redistribuído para a 3.ª Vara, por ordem do Tribunal Regional Federal da 3.ª Região (TRF3).