O ex-diretor do Dnit e mais três integrantes da cúpula do setor de transportes do governo foram afastados no dia 4 de julho, mesmo dia em que a revista Veja noticiou a ocorrência de irregularidades no Dnit e a participação do PR na formação de um caixa dois originado de cobrança de propina de empresas que prestam serviços na infraestrutura de transportes. Pagot, no entanto, sempre negou qualquer irregularidade. Ele chegou a desafiar o Congresso a fazer uma Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) para apurar as denúncias.
Depois do afastamento de Pagot, o ministro Gilberto Carvalho (Secretaria-Geral) e o ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva conversaram com Dilma Rousseff, na tentativa de fazê-la recuar. Mas Dilma bateu o pé e não aceitou as ponderações que lhe eram feitas. Com Pagot, caíram também o ministro Alfredo Nascimento e outros 25 dirigentes do setor de transportes, a maior parte ligada ao PR. "O PR foi catapultado do governo. Agora, ficam querendo que o partido volte. Acho que o PR deveria exigir uma conversa institucional com o governo, saber o que eles querem, e ver se ainda existe alguma possibilidade de resolver essa crise de desconfiança", opinou Pagot.
Logo depois do afastamento, Pagot requereu férias. Pressionado, não resistiu. No dia 25 de julho ele mandou uma carta ao ministro dos Transportes, Paulo Sérgio Passos, falando de sua decisão. E entregou uma cópia do documento à Presidência da República. Em dezembro, quando acabar a quarentena, Pagot passará a atuar na iniciativa privada. Ele disse que tem três opções, todas na área de hidrovias: a Tietê-Paraná, a Paraguai-Paraná e a Tapajós-Amazonas. "Por enquanto, estou visando estes locais, fazendo relatórios e levantamentos. Relatórios sérios, com dados, e pesquisas locais".