O tribunal também constatou indícios de inconsistências nos valores dos contratos e respectivos itens de serviço cadastrados. Também foram identificadas falhas no cadastro dos contratos e dos fiscais de contrato e no processamento de medições fora dos prazos legais.
De acordo com o TCU, as falhas encontradas representam riscos ao principal processo de trabalho da autarquia. A fiscalização do sistema é uma das quatro auditorias específicas em contratos, sistemas ou processos de tecnologia da informação selecionados a partir das constatações obtidas nas auditorias de controles gerais.