Além de ter comprovado que a prefeitura escolhia modalidades erradas para as licitações, a Controladoria-Geral da União (CGU) descobriu a ausência de pareceres jurídicos nos procedimentos licitatórios, dispensas ou inexigibilidades. Segundo a ação, os registros em atas, relatórios e deliberações da comissão julgadora eram omissos, confusos e insuficientes.
Outra irregularidade apontada pelo MPF com base na fiscalização da CGU foi o descaso com que os alimentos eram estocados. O depósito ficava em uma área da garagem, onde havia, atrás, pilhas de pedaços de latarias de carros e lixo de diversas origens, o que podia facilitar a proliferação de ratos, baratas e outros animais.