O Ministério Público apresentou à Justiça o argumento de que o desaparecimento dos guerrilheiros é um sequestro qualificado e um crime continuado, pois os militantes não apareceram. Os procuradores argumentaram que o crime, por ter "caráter permanente", não estaria coberto pela Lei de Anistia, de 1979. Em 2010, o Supremo Tribunal Federal (STF) estabeleceu que a anistia foi ampla, geral e irrestrita, perdoando agentes do Estado que cometeram crimes.
Ao rejeitar o pedido, o juiz Otoni de Matos afirma que, em 1995, o Estado reconheceu as mortes dos guerrilheiros que estiveram no Araguaia e, para qualificar um crime de sequestro, não basta o fato de os corpos dos militantes não terem sido encontrados.
"Aliás, dada a estrutura do tipo do sequestro, é de se questionar: sustenta o parquet (Ministério Público) que os desaparecidos, trinta e tantos anos depois, permanecem em cativeiro, sob cárcere imposto pelo denunciado? A lógica desafia a argumentação exposta na denúncia", diz o juiz federal.