No pleito seguinte, com o governo do Estado já sob a administração Anthony Garotinho, na época no PDT, os tucanos debandaram. Elegeram apenas 11 prefeitos e tiveram 15,78% do total de votos válidos no Estado. Na capital, Ronaldo Cezar Coelho ficou em sexto lugar, com 1,82% dos votos válidos, na eleição vencida por Cesar Maia, então no PTB. Foi a última vez que os tucanos tiveram um cabeça de chapa na capital. O PSDB do Rio viu suas vitórias nas eleições municipais minguarem para três cidades, em 2004, e oito, em 2008.
Já o PT apresenta movimentos díspares no Estado. Suas candidaturas na capital foram apresentando desempenho crescente nos anos 1990. Na última década, após a confusa gestão de Benedita da Silva no governo do Estado, entre abril e dezembro de 2002, o desempenho do partido foi pífio. Já a participação na região metropolitana e no interior tem apresentado crescimento constante.
O melhor resultado já obtido pelo PT no Estado do Rio aconteceu em 2010, quando Lindberg Farias, que já havia sido duas vezes prefeito de Nova Iguaçu, foi o candidato ao Senado mais votado no Estado, com 4,2 milhões de votos. O petista também cumpriu uma cota de sacrifício por causa do projeto nacional do partido. Queria concorrer ao governo do Estado, mas foi impedido como exigência do PMDB de Cabral, que disputava a reeleição, em troca do apoio do partido à eleição de Dilma Rousseff.