O STF chegou a considerar inconstitucional uma MP que não havia passado pelo crivo de comissão especial, mas voltou atrás e exigiu que o Congresso Nacional obedecesse à exigência a partir da decisão.
Apesar de a comissão ser criada para analisar os critérios de admissibilidade, ela também é responsável pela análise das emendas, que agora serão apresentadas pelos deputados e senadores quando a medida chegar no Congresso e não mais durante a tramitação em cada Casa. Com isso, a comissão da MP 562 também fez discussões de mérito ao longo de seis audiências.
Outra comissão já avalia a MP 564, que trata da transferência de recursos da União para o Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES). Quando uma medida provisória chega ao Congresso Nacional começa a correr prazo de 15 dias para que seja formada a comissão mista para analisá-la.