Em 1969, Nacif foi denunciado por ter realizado necrópsia polêmica no Departamento de Medicina Legal, em Minas, do jovem militante do Comando de Libertação Nacional (Colina), João Lucas Alves. Confome divulgado pelos manifestantes, o documento do legista, João teria morrido após suicídio. No entanto, segundo o laudo médico requerido pelo advogado Modesto da Silveira, não houve qualquer indício de enforcamento, mas sim, de unhas arrancadas, esquimoses no corpo e rosto. O próprio João Bosco disse eo Em.com que "em parte alguma do laudo está escrito que foi suicídio". "Quem pode afirmar isso é a Polícia Civil".
Para o médico-legista, os jovens têm todo o direito de protestar, desde que não o agridam moralmente. "O que me chateou, me indignou, foi eles terem vindo para a porta do meu prédio às 7h da manhã, com tambores, parecendo índios. Meus vizinhos não tem nada a ver com isso", afirma.
De acordo com os manifestantes, o médico-legista foi à porta da casa, após quarenta minutos de protesto, e, exaltado, agrediu fisicamente dois jovens que filmavam e faziam a leitura do laudo de João Alves. "Se alguns dos jovens disseram que foram agredidos, peço que eles façam o boletim de ocorrência e façam o exame no Instituto Médico Legal. Eles saíram de fininho quando eu chamei a polícia", acrescenta.
Segundo João Bosco, os jovens distribuíram uma carta para os vizinhos dele, chamando-o de criminoso com proteção do Estado. "Eu nunca tive proteção de ninguém. Quer dizer então que agora eu sou um assassino vivendo no meio de uma população boa? Não posso concordar com uma inverdade dessa", reclama, indignado.