As investigações do Ministério Público encontraram indícios de que R$ 3 milhões dos cofres públicos foram desviados por meio de contrato firmado em setembro de 2010 com a Fundação São Paulo (Fundasp), mantenedora da PUC. A Fundasp foi contratada sem licitação para capacitar servidores do Ministério da Agricultura.
De acordo com o MP, o ex-ministro Wagner Rossi, seu chefe de gabinete, Milton Orlan, e Júlio Fróes arregimentaram um instituição de ensino sem licitação, cobrando 28% do valor bruto do contrato a ser firmado com a Fundasp. O processo para contratação da fundação foi iniciado em julho de 2010. Serviu, conforme o Ministério Público, para dar aparência de legalidade para a contratação. Na ação, o MPF afirmou ter havido uma "montagem processual" na tentativa de legitimar a contratação.
Conforme as investigações do Ministério Público, o lobista Júlio Fróes mantinha três contratos com a Fundasp e se passava por representante da fundação. Apesar de não ter vínculo com o Ministério da Agricultura, Fróes teria duas salas à sua disposição no prédio - uma delas dentro da comissão de licitação.
Na ação, o MPF afirma ainda que a dispensa de licitação para a contratação do Fundasp foi indevida, pois o serviço contratado não exigia especificações técnicas especiais ou diferenciadas que justificassem a contratação direta.
De acordo com o MP, o juiz responsável pelo caso determinou, no dia 16, a notificação dos acusados para que apresentem defesa prévia. Após o recebimento e análise das manifestações, o juiz decidirá pelo recebimento ou rejeição da ação de improbidade administrativa.