Nomeado para assessorar a Comissão da Verdade, Wagner Gonçalves defende que o Ministério Público (MP) proponha ações contra responsáveis por crimes ocorridos durante a ditadura. Num evento do MP sobre crimes da ditadura, realizado em 2008, Gonçalves disse que os procuradores da República não devem ter medo de propor ações contra torturadores."Há fundamentos jurídicos sólidos para que sejam abertas investigações contra os que cometeram crimes durante o regime militar. Não queremos perseguir ninguém, mas também não podemos compactuar com a impunidade", disse na ocasião. "O Ministério Público tem a obrigação de enfrentar os crimes ocorridos durante o período do regime militar no Brasil", afirmou.

Na época, Gonçalves era responsável pela 2ª. Câmara de Coordenação e Revisão do Ministério Público Federal, encarregada de analisar matérias criminais e relacionadas ao controle externo da atividade policial. Hoje ele está aposentado.

"O Ministério Público é a instituição pública que define se ingressa com ações criminais. De antemão, diante de sólidos fundamentos - e uma vez provados os fatos - não propor as ações penais representa uma omissão injustificável", disse na ocasião Gonçalves, ao participar do painel "Crimes da Ditadura: ainda é jurídico punir?".

Para ele, tortura não é delito político, mas crime de lesa-humanidade, contra os direitos humanos. "O que está em questão são os valores da dignidade da pessoa humana e da prevalência dos direitos humanos. E esses valores `se vivem ou carecem de toda importância'", concluiu.