De acordo com o MPF, o então superintendente Luiz Carlos Bonelli teria sido conivente com as condutas ilegais por não ter tomado nenhuma medida para conter a devastação. O inquérito apurou que muitas famílias agiam com autorização de funcionários do Incra. Bonelli teria autorizado verbalmente o ingresso de cerca de 800 famílias ligadas ao Movimento dos Sem-Terra (MST) e à Federação dos Trabalhadores na Agricultura (Fetagri) no assentamento sem o cadastramento prévio, o que contribuiu para a falta de controle sobre os assentados.
Foram identificados 348 lotes onde houve desmatamento. Desses, 116 estavam em áreas de reserva legal. Nessas áreas, foram desmatados 405 hectares e instalados 166 fornos para a produção de carvão vegetal. O desmatamento variava de 20% a 100% de cada lote. Laudos confirmam a derrubada total de 1.018 hectares de cerrado, dos quais 730 hectares - 71,7 do total - em áreas de reserva. O ex-superintendente não tinha sido notificado da denúncia até a noite desta quinta-feira. Em sua defesa no inquérito, ele alegou ter tomado providências para coibir o desmate e adotou sanções contra funcionários que se omitiram no caso.