Até junho de 2010, a verba indenizatória dos deputados do Amapá era de R$ 15 mil mensais. Subiu para R$ 50 mil e, depois, para R$ 100 mil, por sugestão do presidente da Casa, Moisés de Souza (PSC), que foi acolhida por unanimidade. A revelação da extravagância pela imprensa nacional fez com que os parlamentares recuassem e no início do ano a verba retornou ao patamar de R$ 50 mil. Ainda assim, continua sendo a maior do Brasil. Em São Paulo, por exemplo, essa prerrogativa corresponde a R$ 13 mil. Já os deputados federais têm direito a R$ 35 mil mensais.
Para o Ministério Público, os documentos da Operação Eclésia reforçam as suspeitas de desvio milionário de recursos públicos num dos Estados mais pobres do País, que contribui com apenas 0 2% do PIB nacional.
A suspeita dos promotores é de que os deputados utilizavam notas fiscais frias para justificar as despesas do mandato, com aluguel de carros, combustíveis e viagens. Os documentos foram obtidos mediante ações de busca e apreensão nos gabinetes e nas residências dos parlamentares, bem como nas empresas fornecedoras das notas, no dia 22 de maio.