Um dos pontos da discórdia é o polêmico artigo 1º da MP, que trata dos princípios da lei. Os deputados criticam o artigo, argumentando que "a redação de codificações, tradicionalmente, deve ser concisa e que a função dos diplomas dessa natureza não é fixar princípio, mas quando muito, especificar o conteúdo da matéria a ser tratada, como, aliás, o fez a redação original da Câmara Federal".
Os deputados da bancada rural acreditam que se a redação for mantida como está no artigo 1º existe o risco de "o julgador, em nome de algum princípio específico nos incisos - a pretexto de que o princípio é maior que a norma, vir a negar a aplicação de qualquer dos dispositivos do novo Código Florestal, inviabilizando a aplicação de toda a legislação florestal. Em outras palavras, a aplicação do próprio código".
Outra questão é o artigo 61 e seus 14 parágrafos que tratam dos percentuais de mata que devem ser preservados ou recuperados para que a propriedade (pequena, média e grande) seja regularizada. "A alteração proposta pelos deputados visa a adequar o texto à intenção dos legisladores, qual seja a de consolidar as atividades agrossilvipastoris, de ecoturismo e de turismo rural que já estavam em andamento desde 22 de julho de 2008", diz a assessoria.
Na opinião dos deputados, "o meio ambiente não sofre qualquer degradação com a continuidade destas atividades na medida em que os programas de regularização ambiental fixarão os critérios e ações necessários à conservação e uso da água e do solo", destacam. Eles alertam que os órgãos científicos e ministeriais já demonstraram que "a não adoção desse entendimento importará na perda de milhões de hectares de áreas produtivas".