Nas 50 cidades, capitais e interior, onde houve disputa eleitoral em segundo turno, o PSDB e o PT elegeram o maior número de prefeitos. Aos petistas coube a vitória na maior cidade do país, São Paulo, administrada por quase uma década pelo PSDB e em mais sete cidades das quais duas capitais, João Pessoa (PB) e Rio Branco (AC). Os tucanos, por sua vez, conquistaram nove municípios, três capitais – Manaus (AM), Teresina (PI) e Belém (PA).O PMDB, que a disputa em 1.035 prefeituras em todo o país no primeiro turno, administrará mais seis cidades vencidas no segundo turno. Os peemedebistas perderam em todas as capitais onde disputaram como, por exemplo, Campo Grande (MS) e Natal (RN).

O PSB, que no primeiro no primeiro turno venceu em 422 cidades, no segundo turno conquistou mais seis prefeituras. O partido registrou um crescimento de 34%, o maior índice entre as legendas que disputaram as eleições de 2008 e deste ano.

O estreante PSD, uma dissidência do DEM, criado com o apoio de outros partidos, perdeu em São Paulo, onde o atual prefeito, Gilberto Kassab, é uma das principais lideranças do partido. No entanto, a legenda mostrou força em outras regiões e venceu as eleições em 502 cidades, 499 no primeiro turno e mais três no segundo turno, entre elas a capital de Santa Catarina, Florianópolis.

O DEM, que saiu desgastado no primeiro turno quando elegeu 276 prefeitos, apenas um nas 27 capitais, o prefeito de Aracaju (SE), João Alves Filho, conquistou hoje a administração do terceiro maior colégio eleitoral do país e primeiro do Nordeste, Salvador (BA). Antônio Carlos Magalhães Neto ganhou a disputa com o petista Nelson Pellegrino. Com a sua vitória, ACM Neto reverte um cenário de decadência do carlismo na capital baiana, que vinha ocorrendo desde antes da morte de seu avô Antônio Carlos Magalhães.

PDT, PPS e PCdoB elegeram em segundo turno três prefeitos cada. O PP e o DEM, dois prefeitos; o PV, PSOL, PR, PRB e PTC, um prefeito cada. O PP ganhou na capital de Mato Grosso do Sul, Campo Grande. O PTC ganhou em São Luís (MA) e o PSOL em Macapá (AP). Os pedetistas fizeram duas capitais no segundo turno: Natal (RN) e Curitiba (PR). O PPS, administrará Vitória, capital do Espírito Santo.