A Secretaria dos Portos nega "com veemência" informações de que seu secretário executivo, Mário Lima Júnior, teria facilitado a aprovação de projeto da empresa São Paulo Empreendimentos Portuários na Ilha de Bagres, em Santos (SP). Conversas interceptadas pela Polícia Federal entre o então diretor da Agência Nacional de Águas (ANA), Paulo Vieira, e o ex-senador Gilberto Miranda - durante investigação sobre esquema de venda de pareceres fraudulentos - revelam que o grupo investigado tinha interesse em regularizar esse empreendimento. Eles queriam que a área fosse considerada de interesse público, para obtenção do licenciamento ambiental do projeto, já que seria instalado em área de mata atlântica.

A secretaria afirma que o pedido da empresa foi negado em junho de 2012, porque o órgão não tinha competência legal para decidir sobre o tema.

"Em nenhum momento o sr. Mário Lima Júnior manteve encontro ou qualquer outro contato telefônico com o sr. Gilberto Miranda, além do telefonema em viva-voz feito pelo sr. Paulo Rodrigues Vieira", afirma a secretaria.

O ministro-chefe da Secretaria dos Portos, Leônidas Cristino, já havia declarado à Agência Estado que, como membro do Conselho de Administração (Consad) do porto de Santos, assim como era Paulo Vieira, Mário Lima não podia recusar o pedido para conversar sobre o empreendimento. Segundo o ministro, a única conversa que os dois tiveram fora do Consad foi na secretaria. Nesse encontro Vieira teria telefonado para Gilberto Miranda e colocado o telefone no viva voz para os três combinarem um encontro em Santos que, segundo Cristino , não ocorreu..