Os ministros do Supremo Tribunal Federal devem chegar a uma conclusão prática semelhante, apesar de seguirem caminhos distintos na discussão sobre a perda de mandato dos três deputados condenados por envolvimento no mensalão: João Paulo Cunha (PT-SP), Valdemar Costa Neto (PR-SP) e Pedro Henry (PP-MT). Parte do colegiado votará pela cassação dos mandatos. Outros ministros, mesmo entendendo que essa decisão cabe à Câmara, devem determinar a suspensão dos direitos políticos e consequente afastamento do mandato.

Por um caminho ou por outro, Cunha, Neto e Henry seriam afastados de seus mandatos após a conclusão do julgamento do processo e assim que os acórdãos e julgamento de todos os recursos pendentes contra a condenação forem publicados. Se seguir o caminho da cassação do mandato - pelas estimativas dos ministros, será a tese majoritária -, o Supremo travará um conflito com a Câmara. Caso se limite a suspender os direitos políticos dos parlamentares, a autonomia do Legislativo para cassar mandatos permanecerá intocável..